Lietuvos bankui vadovauja Valdyba, ją sudaro Valdybos pirmininkas, du Valdybos pirmininko pavaduotojai ir du Valdybos nariai. Banke veikia vienuolika departamentų ir šeši savarankiški skyriai. Lietuvos banko būstinė yra Vilniuje, o einamuosius reikalus kituose šalies regionuose tvarko banko įstaigos Kaune ir Klaipėdoje.
Lietuvos banko struktūriniai padaliniai:
TARNYBOS
Priežiūros tarnyba – prižiūri, ar finansų rinkos dalyviai vykdo įstatymų ir kitų teisės aktų nustatytus bei tarptautinius rekomenduojamus saugios ir patikimos veiklos standartus. Taip pat nagrinėja vartotojų ir prižiūrimų įstaigų tarpusavio ginčus bei teikia rekomendacijas, kaip, Lietuvos banko nuomone, turėtų būti išspręstas konkretus ginčas tarp vartotojo ir finansų įstaigos.
DEPARTAMENTAI
SAVARANKIŠKI SKYRIAI
KITI PADALINIAI
Lietuvos banko skyriai Kaune ir Klaipėdoje aptarnauja jiems priskirtų šalies regionų komercinius bankus ir jų padalinius aprūpindami grynaisiais pinigais.